Số lượng và tổ chức của operon được nghiên cứu kỹ lưỡng nhất ở E. coli. Kết quả là, ta có thể dự đoán dựa trên trình tự bộ gen của sinh vật.

Một phương pháp dự đoán sử dụng khoảng cách liên kết giữa các khung đọc như là một yếu tố dự đoán chính về số lượng operon trong hệ gen. Quá trình tách biệt chỉ là thay đổi khung đọc và đảm bảo rằng việc "đọc" là hiệu quả. Những điểm dãn giữa các operon bắt đầu và kết thúc, thường lên đến 40-50 base.[21]

Một phương pháp thay thế để dự đoán operon là dựa trên việc tìm kiếm các cụm gen nơi thứ tự và định hướng gen được bảo tồn trong hai hoặc nhiều bộ gen.[22]

Dự đoán operon thậm chí còn chính xác hơn nếu lớp chức năng của các phân tử được xem xét. Vi khuẩn đã tập hợp các khung đọc của chúng thành các đơn vị, cùng với sự tham gia của các phức hợp protein, các con đường phổ biến, hoặc các cơ chất và protein vận chuyển chung. Vì vậy, dự đoán chính xác sẽ liên quan đến tất cả các dữ liệu này, đúng là một nhiệm vụ khó khăn thực sự.

Phòng thí nghiệm của Pascale Cossart là phòng thí nghiệm đầu tiên xác định tất cả các operon của vi sinh vật, Listeria monocytogenes. 517 operon đa cistron được liệt kê trong một nghiên cứu năm 2009 mô tả những thay đổi tổng hợp trong phiên mã xảy ra ở L. monocytogenes trong các điều kiện khác nhau.[23]